1999年9月，阿里巴巴网站建立起来了，马云立志要使之成为中小企业敲开财富之门的引路人。10月，阿里巴巴获得以高盛牵头提供的500万美元风险资金，马云立即着手的一件事情就是，从香港和美国引进大量的外部人才。
马云：我开除了９５％的ＭＢＡ马云对外宣称“创业人员只能够担任连长及以下的职位，团长级以上全部由MBA担任”。当时，在阿里巴巴12个人的高管团队成员中除了马云自己，全部来自海外。
接下来几年，阿里巴巴聘用了更多的MBA，包括哈佛、斯坦福等学校的MBA，还有国内大学毕业的MBA。但是后来这些MBA中的95％都被马云开除了。马云后来回忆道：我跟北大的张维迎教授辩论，首先我承认我水平比较差，95％的MBA都被我开除掉了，难道他们就没有错吗?怎么可能95％都被我开除掉?肯定有错。因为这些MBA一进来跟你讲年薪至少十万元，一讲都是战略。每次你听那些专家跟MBA讲得热血沸腾，然后做的时候你都不知道从哪儿做起。
马云说，进商学院首先学什么?作为一个企业家，小企业家成功靠精明，中企业家成功靠管理，大企业家成功靠做人。因此，商业教育培养MBA，首先要教的是做人。马云对这些MBA的评价是：“基本的礼节、专业精神、敬业精神都很糟糕。”这些人一进阿里巴巴就好像是来管人的，他们一进来就要把前面的企业家的东西都给推翻。
马云从不否定那些职业经理人的管理水平，他们的水平如同飞机引擎一样，但问题在于，如此高性能的引擎适合拖拉机吗?马云由此总结出一个关于人才使用的理论：只有适合企业需要的人才是真正的人才。他把当初开除MBA的事情做了一个比喻：就好比把飞机的引擎装在了拖拉机上，最终还是飞不起来一样，我们在初期确实犯了这样的错。那些职业经理人管理水平确实很高，但是不合适。公司当时的发展水平还容不下这样的人。
长期以来，在不少人眼里，只有高学历、高职称的人才能算是人才，否则即使有通天的本领，没有一纸文凭或职称，也不能称其为人才。但是，西方却有这样一句名言：“垃圾是放错位置的财富。”是不是人才，关键是看把它放在什么位置上，让他去做事，只要他在这个位置上能够做好，做出成绩来，他就是人才；如果不行，即使顶着再多的桂冠，他也不是人才。所以，从某种意义上说，“适用”即人才。马云在办公室的墙上挂着一幅题字：“善用人才为大领袖要旨，此刘邦刘备之所以创大业也。愿马云兄常勉之。”这幅字是金庸2000年的时候给马云题的。马云说：“我挂在办公桌前面，这是给自己看的，挂在后面是给别人看的。天天看到这个，也是对自己的一种提醒。”
造就一个优秀的企业，并不是要打败所有的对手，而是形成自身独特的竞争力优势，建立自己的团队、机制、文化。我可能再干5年、10年，但最终肯定要离开。离开之前，我会把阿里巴巴、淘宝独特的竞争优势、企业成长机制建立起来，到时候，有没有马云已不重要。要确保组织发展既平稳又迅猛，就要保证阿里巴巴无论发展速度有多快，都能在需要用人的时候有人可用。
如何才能形成团队自身的竞争机制呢?马云认为最主要的还是要靠学习。
“前些天，我组织公司的一些高层看《历史的天空》。这是一部很好的电视剧，讲述了一个农民如何逐步成长为将军的故事。主人公姜大牙一开始几乎是个土匪，但是通过不断学习、实践，不仅学会了游击战、大规模作战、机械化作战，而且还融入了自己的创新，最终成为一个百战百胜的将军。与众多的中小企业一样，阿里巴巴也希望员工像姜大牙一样，不断改造，不断学习，还要不断创新，这样企业才能持续成长。”
在人才选拔上，阿里巴巴采取的是外部招聘与内部培养相结合的方式，其中内部培养是重点。在电子商务行业里，阿里巴巴已经走在了最前列，单纯依赖从其他公司大批量吸收成熟的人才，很难满足每年成倍增长的业务对人才的大量、高质的需求。阿里巴巴独特的文化氛围和价值观，外来人员也很难在短时间内充分理解。如果不能在价值观上达成一致，那么在长远业务上就很难形成统一的共识。因而阿里巴巴主要是以内部培养为主，包括“培养人”和“选拔人”两个方面。
在培训方面，阿里巴巴根据员工的层级、职能，将学习细分为：阿里党校、阿里夜校、阿里课堂、阿里夜谈和组织部。另外，针对庞大的销售队伍，阿里巴巴还组建了专门的销售培训部门；而“送课下乡”项目则确保了培训学习资源能到达一线员工住的地方。针对关键岗位的人才，阿里巴巴还设有“接班人计划”，针对不同岗位，制定胜任力模型，培养后备力量。
在阿里巴巴，由于业务发展迅猛，用人急迫，一些年轻的管理人员充满激情但是管理经验欠缺，不能有效辅导下属，带领团队创造整体绩效，造成下属无法得到充分的发展。所以，尽管目前市场上流行的是360度反馈，但是就阿里巴巴而言，更多的是采用员工座谈、“小字报”、管理论坛、调查访问等多种形式来满足管理人员了解下属感受、不断改进管理方式、调整管理理念的需求。
马云坚信，只有令个体不断增值的企业，才是员工向往的发挥个人价值的好平台。
MBA
工商管理硕士（MBA）是一种专业硕士学位，与一般硕士研究生有所不同。首先是培养目标不同，MBA是培养能够胜任工商企业和经济管理部门高层管理工作需要的务实型、复合型和应用型高层次管理人才，而其他硕士研究生是培养具有扎实理论基础和较强的科研和教学能力的高层次科研型和教学型人才；其次是培养对象不同，MBA的招生对象一般为大学本科毕业、大专毕业生、具有三年以上工作实践经验的国家机关事业单位干部和工商企业管理人员及技术人员，而其他硕士研究生可以招收应届毕业生，也可以招收在职人员；第三是培养方式不同，MBA教育从本质上讲是一种职业训练，特别强调在掌握现代管理理论和方法的基础上，通过商业案例分析、实战观摩、分析与决策技能训练等培养学生的实际操作技能，使学生接受知识与技能、个性与心理、目标与愿望等方面的挑战，更具有职业竞争的实力，而其他研究生则侧重于理论学习、学术研究。