1991年11月20日马其顿宣布自原南斯拉夫联邦共和国脱离后定名为“马其顿共和国”。希腊认为，马其顿是一地理概念，包括希腊北部地区，因此反对马以“马其顿”及其派生词为国名。1993年4月，马暂以“前南斯拉夫马其顿共和国”加入联合国，迄今两国在国名问题上互不相让。
曾于2008年3月5日，在希腊北部城市塞萨洛尼基，人们在印有亚历山大大帝头像的横幅后挥舞国旗。当天，希腊人在此举行示威游行，抗议马其顿对内对外坚持使用宪法国名“马其顿共和国”要求其继续使用“前南马其顿共和国”。作为北约和欧盟成员国的希腊表示，如果不能达成一个双方均可接受的马其顿国名，希方将在马其顿加入北约和欧盟的道路上设置障碍。
希腊为什么反对马其顿人使用“马其顿共和国”宪法国名？
马其顿人其实是希腊民族中的一个族群，类似今天我们说客家人、上海人、山东人一样，是一个大民族中得小族群。前南斯拉夫境内的马其顿共和国居民大多不是历史上马其顿人的后代，只是沿用了历史名称而已。而希腊境内却实实在在有真正的马其顿人后代，希腊境内的马其顿人也有分离倾向。如果世界上有了一个马其顿国，可能会造成希腊境内马其顿人的分离分子与其合流，不利于希腊的稳定统一。所以，希腊坚持反对马其顿使用马其顿国名。
马其顿”是古希腊时期希腊北部的国家的名称，由亚历山大大帝统治的马其顿帝国曾经征服小亚细亚、波斯、埃及等地，把希腊文明传播到中东各地。至今希腊仍将其北部地区称为马其顿。希腊认为，由斯拉夫民族（马其顿斯拉夫族）所建立的国家无权使用属于希腊的名称作为国名。由于希腊所提出的抗议，世界上绝大多数国家、联合国、欧洲联盟、国际奥林匹克委员会等均未承认“马其顿共和国”的国名，而将该国称为“前南斯拉夫马其顿共和国”。目前全世界仅有约40个国家承认“马其顿共和国”本身使用的名称，包括中华人民共和国、美国、俄罗斯、以及前南斯拉夫的其他加盟共和国。
马其顿共和国独立初期时，国旗上曾使用“维伊纳的太阳”（即十六道光芒的太阳）图案，由于该图案源于古希腊时期的马其顿国，希腊认为马其顿共和国无权在国旗上使用。同时由于马其顿宪法当中提及“关注邻国马其顿人的权益”，希腊认为这显示马其顿共和国意图干涉希腊北部的斯拉夫少数民族事务，甚至对希腊北部有领土扩张的野心。
由于以上原因，马其顿独立初期时，希腊雅典等地曾举行大规模示威，抗议马其顿共和国使用“马其顿”的名称。希腊政府也于1994年2月开始向马其顿共和国进行经济封锁，重创马其顿共和国的对外贸易。马其顿共和国最终于1995年9月改换国旗以及修改宪法（新条文重申马其顿对邻国领土没有任何主张），之后希腊结束了经济封锁。虽然希腊、马其顿两国的经济联系日益加深，但国名问题至今仍未得出解决方案。