我们知道叶企孙在1949年1月10日人民解放军接手清华之前，他是清华的校长。
1月30日解放军占领清华，解放军中多数人的文化水平确实不高，所以他们来接管，不是一件容易的事，在他们看来，这里的教授是神仙，学生是老虎，他们这些办事的人是狗。
在这样一个气氛中，解放军就不得不采取非常措施，他们车换了校长，自然叶企孙就被刘仙洲取代了，1949年）1952年6月27日，刘仙洲主任委员待叶企孙，并对叶企孙进行清算，10月分基本结束。
我们也知道：
叶企孙独善其身，终身不娶，视学生为儿女，都过了悲欣交集的一生。
他说：”共产党的自我检查，很有点儿像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人要自杀。“叶企孙是两弹一星的元勋和老祖，在中国建政50周年之际，在23位获得”两弹一星功勋勋章“的科学家中，有9位是他的学生，2位是他的学生的学生，还有两位院士级（学部委员）的事业与他有着密切关系。
我们还知道：抗日战中时期的地雷战，那地雷的制造者就是他的学生熊大缜的杰作，这里面少不了叶企孙的功劳，从技术的设计到原料的购买和运送，都是叶企孙提供了方便，可惜后来熊大缜的工作引起了积极抗战者的重视，这与当时的妥协政策相悖，他被”关照“了，由冀中军区锄奸部看押，在转移途中，为防止其逃跑，锄奸部一负责看押的头目亲自找来一块石头，将其引入一块高粱地，从背后猛击头部数下。当场鲜血喷溅，脑浆迸裂，倒地毙命，被弃尸而去。据说，那个亲手砸死熊大缜的人，新中国成立之后成为某省的主要领导者之一，一直活到20世纪80年代。真是秀才遇到兵，有理说不清。再有才也无用武之地了。叶企孙也保不了他了，当得知消息的时候，人已经没了。
后来的叶企孙也难逃文革的劫难，1972年归国人士要探望被阻。直到1977年8月才恢复领取工资，19977年1月13日21时30分叶离世。