1938年，王钟翰从燕京大学本科毕业，旋入研究院史学部继续攻读硕士学位。说到6年读书生活，自然有印象最深的事情，王钟翰最深刻的记忆出人意料，既不是燕园里面好读书，也不是呼朋引伴，甚至不是大师们的谆谆教诲，而是喝酒。
“在当时的燕大，住着几位美国老太太，每个周五晚上她们都到临湖轩跟司徒雷登聊天，向司徒雷登汇报一些学校里的小道消息。有一次，我在海淀同和居喝酒——那是当时在海淀很有名的一个小吃店，那里最出名的酒就是莲花白，我因为喜欢喝酒，就经常到那里去。那一次我在同和居喝了莲花白之后还嫌不过瘾，又喝了不少白干，结果喝醉了。出了同和居过马路的时候，我晕晕乎乎地摔倒在马路旁边了。这个情形被那几个美国老太太看到了。那时候我在燕大上学，除了第一年家里给了一百大洋之外，其他的全靠奖学金和寒暑假打工挣的一点钱。从入学一直到‘卢沟桥事变’爆发，我两次得到学校的奖学金共四百大洋，后来战争爆发，学校也就不再提供奖学金了。那几个老太太添油加醋地跟司徒雷登讲述了一番，并提议取消我的奖学金。司徒雷登听了，知道传话会有夸张之处，没有表态，之后他告诉了我的老师洪业先生，洪先生说：‘这好办，王钟翰最听邓之诚先生的话，我告诉邓先生，让邓先生处理他。’邓先生听到这件事后，打电话到我的宿舍，让我第二天早上到他家里。那天我去了之后，邓先生在桌子上准备了一小杯白干，问我：‘你昨天喝醉酒了？’我‘嗯’了一声，并不说话，心想这下要挨批了。邓先生指了指桌子上的酒说：‘再喝这一杯。’然后解释说，在喝醉酒清醒之后一定要再喝一点，压整一下，以后再见了酒就不会害怕。我喝完那杯酒，邓先生说：‘好了，你回去吧。’他是怎么跟司徒雷登交差的，我并不知道。不过，我喜欢喝酒而且能喝，从此在燕大有了一点小小的名气。”
抗日战争爆发之后的燕大，虽然在美国星条旗的保护之下，令日本人投鼠忌器，但也并非固若金汤，对燕大存觊觎之心的日本宪兵队时常会到燕大“拜访”。因酒得名的王钟翰，因为一次和日本人的“酒战”，上了当时北京的报纸：
“燕大关闭之前，日本宪兵队总队驻扎在西苑，统管着全北京的日本宪兵队。总队的队长华田常常到燕大来，名义上是拜访司徒雷登。华田来燕大的时候，只带一两个人，不带侍卫队，枪也是掖在衣服里面的。司徒雷登对于这种拜访，自然不好拒绝，不但不好拒绝，有时候到了吃饭的时间，善于处理关系的司徒雷登还会请华田在临湖轩吃顿便饭。餐厅在临湖轩的东头，西头则是司徒雷登的卧室，中间是个比较大的客厅。
“秋天的一天，华田忽然提出要跟燕大教职工比赛喝酒。司徒雷登知道我能喝酒，就让洪业先生找到我。我去了之后，那个日本宪兵队队长华田摆了10瓶啤酒，并且说不用杯子，直接对着瓶儿喝！我当时正年轻，心想：打仗我可能打不过你，喝酒一定要把你喝倒。结果喝了不到9瓶，华田已经瘫倒在桌子底下了，而我还在那里要喝够10瓶。当时在场的老师们表面上没有显露什么，但是心里确实欢欣鼓舞。那个日本人华田呢，只好灰溜溜地走了。当时北京一家报纸还对此事做了题为‘王钟翰怒斗倭寇’的报道。
“后来太平洋战争爆发，日本宪兵队的大卡车闯进燕大校园，逮捕了很多师生。我虽然也多次参加抗日活动，却没有被逮捕，我想，也许是那个华田觉得见了我很没有面子吧。”
王钟翰在燕京大学发表的第一篇学术论文是《辨纪晓岚（昀）手稿简明目录》。1936年，中国营造社印行《钦定四库全书简明目录》，并认为那是清代大儒纪晓岚的手迹。王钟翰的业师洪业看了之后，感觉从字体及印文上看，并非纪晓岚之作。这种大好题目，在洪业做来易如反掌，但是他却把王钟翰叫了去，对王钟翰说了他的看法和思路。王钟翰按照洪业的思路，拿印行的《钦定四库全书简明目录》与纪氏审定的《四库全书总目提要》一一对照，发现疑点竟然有100多处。王钟翰将这些发现一一整理成文后，又是洪业把文章推荐到当时鼎盛一时的《大公报》上发表。