初战告捷，王钟翰“喜不自胜”，呼朋引伴，又到饭馆去“美餐一顿”。后来他把这篇在学术上起步的“第一桶金”拿给另一位他同样尊重的老师邓之诚看，不料却引来“一盆冷水”。邓之诚说文章本不必写那么长，只要几条过硬的例证就足以致其死命，何必多引？一正一反，体现了两位大师学术思路的不同，但是对于初治清史的王钟翰，他们正如严父慈母之于蹒跚学步的孩童。
1946年，王钟翰被燕京大学委派到哈佛大学攻读博士学位。初到美国的王钟翰在哈佛碰到了杨联陞，杨联陞问他：“你这番到美国，是来求学，还是来拿学位？”王钟翰觉得很奇怪，杨联陞接着说：“要拿学位，就得攒够学分，故而选课要多，选易于学的，有了足够的学分，才谈得上做论文，所以在这里拿学位就得做长期准备。至于求学问，那就得根据你自己的需要了。”果然，王钟翰在递交论文的时候遇到了麻烦，当时的哈佛燕京学社主任认为他的论文写法不符合哈佛对论文的要求：“你的学期论文不行，下学期给你半年预备时间，你准备硕士论文答辩，取得硕士学位回国去吧。”王钟翰不服气：“我已有了燕大的硕士学位，不再需要哈佛的硕士学位。我是来念博士的。”
1948年，留学年限已满，没有拿到博士学位却学得满腹经纶的王钟翰从哈佛返回燕大。一直到1952年院系调整之前，他都生活在美丽的燕园。1952年之后，燕京大学不复存在，王钟翰被调入中央民族学院，学术研究也从清史转向满族史。
1957年，王钟翰被打成“右派”，理由是“得过司徒雷登的奖学金，对司徒雷登有感情”，这也许是王钟翰与燕京大学最后的一点关联。